1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……
地球日历的2110年。成功进入宇宙的人类已经封装了多种资源小行星,认为这与未来和繁荣有关。然而,在外宇宙的桥头堡木星圈,一股自称“泛银河统一帝国”的神秘力量Ulugar袭击了地球,导致地球陷入生存危机。
少女琪拉出生在一个人类和吸血鬼共同组建的幸福家庭中,她的外公宗二郎(柄本明 饰)希望和人类共存,所以发明了可以衰老的药物,并且发誓绝不吸食人类的鲜血,于是便以人类的模样生活在灿烂阳光下。