吾妻玲二(入野自由 配音)本是一介普通的少年,一次偶然中,他被卷入了一起黑社会暗杀事件之中,作为目击证人,玲二被列入了“消抹名单”之中。组织内部的洗脑专家家塞斯(千叶一伸 配音)发现了玲二体内所隐藏的强大力量,如获至宝的他消除了玲二的记忆,取名Zwei,并致力将他培养成为新一代出色的杀人机器。 负责训练玲二的少女名叫Ein(高桓彩阳 配音),她同玲二一样没有过去的记忆。尽管Ein表面上冷静从容,但在内心里,她一直在逃避着同时作为“人”和“机器”这之间无法调节的矛盾。在和玲二相处的日子里,Ein的人性被重新唤醒,她意识到了自己危险的处境,不愿意再被人利用的Ein和玲二约定,两人决心逃出组织的掌控,重新回归自由的生活。
根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹,兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击,同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿(坂本真绫 饰)。一番混乱之后,他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品,而她的人民也决定利用圣星的利用重新复兴祖国与民族…… 本片根据荒川弘的漫画原著改编。