Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
他喜怒无常，时而高兴，又笑又唱，稍有不如意便啼哭，他毕竟小不懂事，不知何时要闯出祸来，给父母带来了不少忧虑和烦恼。父母白天都要上班，没人照看小太郎，父亲怕他出危险， 就在门上做了个木板栅栏，以为这样就安全了。谁知淘气的小太郎竟然弄坏栅栏闹出人命。父母无法， 只好请奶奶来看管小太郎。但是奶奶溺爱孩子的作法，又引起父母的不安和新的家庭矛盾…..孩子平常的一举一动，无不牵连着父母的心，周围孩子的一些小事，都会引起父母的紧张和联想……父母对孩子的爱和一片苦心，只有身为父母者才会感受得更深刻。
